Program kształcenia ustala senat lub rada naukowa, po zasięgnięciu opinii samorządu doktorantów. Termin ustosunkowania się samorządu powinien być określony w statucie, po jego bezskutecznym upływie, wymóg zasięgnięcia opinii uważa się za spełniony.

W programie może (nie musi) być przewidziany obowiązek odbycia praktyki zawodowej w formie prowadzenia lub uczestniczenia w prowadzeniu zajęć. Wymiar praktyki zawodowej nie może przekraczać  60h/rok.

Ponadto ustawa nakłada obowiązek zasięgnięcia opinii samorządu doktorantów w procesie uchwalania programu kształcenia w szkole doktorskiej, termin wydania opinii jaki przysługuje samorządowi doktorantów powinien zostać ustalony w statucie uczelni, a jego bezskuteczny upływ spełnia ustawowy obowiązek zasięgnięcia opinii (art. 201 ust. 4).